企業在開具增值稅發票時，因蓋發票專用章時沒章清，在旁邊又蓋了一個可以嗎？
不可以。根據《中華人民共和國發票管理辦法》第二十二條規定，開具發票應當按照規定的時限、順序、欄目，全部聯次一次性如實開具，并加蓋發票專用章。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第二十八條規定，單位和個人在開具發票時，必須做到按照號碼順序填開，填寫項目齊全，內容真實，字跡清楚，全部聯次一次打印，內容完全一致，并在發票聯和抵扣聯加蓋發票專用章。
根據上述規定，企業開具的增值稅發票時，必須全部聯次一次性如實開具，政策強調“一次性”。因此，只允許加蓋一個發票專用章，如果沒蓋清楚，不允許在旁邊再蓋第二個發票專用章了。
答疑
網友留言：我公司7月給寧波開具一張增值稅發票，因章不清楚在抵扣聯上蓋了兩個發票專用章，寧波國稅局說蓋兩個章不符合規定不給認證，并傳真過來國稅局的證明，要求重新開具發票，符合開具銷項負數條件嗎？請問從我們這稅務局可以辦理開具銷項負數通知單嗎？
泰安市國稅局貨物和勞務稅科科長白海波：跟寧波的一家企業開了增值稅發票，因為蓋章出現兩個，對方不給予認證，出現這種情況以后，應該由對方國稅機關給他出具不予認證的證明說明，已經給傳真過來了，這樣屬于開票有誤，或者是蓋章有誤，銷售方在專用發票認證期限內，向主管稅務機關填報申請表，并填寫具體的原因，以及相應的藍色專用發票的信息，同時由購買方出具的拒收理由等材料，就可以開具通知單，并通知單可以重新開具紅字發票，重新開具增值稅發票就可以了。
答疑
國稅：發票上蓋了發票專用章，但是蓋的不清晰，怎么辦？
答：可以在旁邊補蓋一個清晰的章，或者將發票作廢/沖紅。
稅務說
實務中建議，強調是實務的角度，惹不起可以躲得起！！
金額較大、供應商名錄的，建議換票！
金額較小的，換票成本較大的（如外地住宿費），暫時不換！
發票管理制度明確，不允許蓋兩個發票專用章的發票報銷！
順便說一下
收到一張蓋了財務專用章的發票能用嗎？補蓋一下發票專用章可有效？
答：不可以
企業取得一張增值稅專用發票上，同時加蓋發票專用章和財務專用章是否可以作為報銷憑證在企業所得稅前扣除
答：不可以
專用發票蓋章時蓋成公章了，可以用嗎？是否還需要補蓋發票專用章？
答：都不可以，補蓋也不行。
一句話，除特殊情況以外，在開具發票時發票上必須加蓋用票單位的發票專用章，加蓋其他印章無效。
其中特殊情況是指：《國家稅務總局關于上海市稅控收款機推廣應用有關問題的批復》（國稅函〔2008〕690號）規定第一條關于稅控收款機發票蓋章問題規定：“鑒于目前稅控收款機開具的卷式發票上已打印納稅人名稱（即收款單位名稱）、納稅識別號，同意你局在上海市范圍內試點，試行稅控收款機卷式發票開具時不加蓋發票專用章，以方便納稅人開具操作。其他發票開具仍需按規定加蓋發票專用章?！?/p>