[謎題]
2011年，甲公司以其個人財產的土地出資設立公司房產乙，土地市場價格為500萬元，投資風險評估增加100萬元，乙公司股權為600萬元。三個月后，甲公司以540萬元的售價出售了乙公司600萬股股份。請問a，公司繳納土地增值稅時，收入是按600萬元計算還是540萬元計算？
[解決方案]
1、司法部、國家
《關于明確土地增值稅若干難點問題的通知》(財稅字〔1995〕48號)第一條規定，對于房地產投資或聯營，投資、聯營一方將房地產轉讓給被投資或聯營企業時，暫免征收土地增值稅。對轉讓上述房地產的投資和合資企業征收土地增值稅。
司法部、國家研究所
國土局
《關于若干難點問題的通知》(國稅發〔2006〕21號)第五條規定，對于投資或以土地(房地產)入股的合資企業，凡被投資或合資企業從事房地產開發，或公司采取合理的避稅方式，房地產開發企業投資并加入其所建社區的，司法部、商務部不適用土地
《關于明確疑難條款的通知》(財稅字〔1995〕48號)第一條暫免征收土地增值稅的規定。
按照規定，a .土地所有權公司投資的公司房產不免稅，應繳納土地增值稅。土地增值稅應納稅所得額應按風險評估價600萬元計算繳納。
2.《商務部關于以股權轉讓名義轉讓房地產征收土地增值稅疑難問題的批復》(國稅函[2000]687號《公司合理避稅辦法》)規定，廣州有限公司和深圳市能源投資股權有限公司重復使用并共同轉讓深圳市能源(合浦縣)工商有限公司100%股權，以股權表示的資本主要為土地所有權、地上建筑物及附著物
《稅收征收條例》第三十六條規定，全國范圍內的企業或者外國企業設立的從事制造、經營、管理、娛樂活動的政府機構及其附屬企業之間的業務往來，按照獨立企業辦理。兩者之間的業務往來應收取或支付價款和費用；如果價格和費用沒有按照獨立企業之間的業務往來收取或支付，應納稅所得額或收入減少，稅務機關無權對公司合理的避稅方法進行適當變更。
《
該法第四十一條第一款規定，企業與關聯方之間的業務往來不符合獨立交易標準，減少企業或關聯方應納稅所得額或收入的，稅務機關無權以適當方式予以變更。
按照規定，甲公司轉讓以土地所有權為主的100%股權時，還應繳納土地增值稅。此時確認土地增值稅收入。如果甲與股權受讓方有關聯，甲在計算土地增值稅
當時540萬元的交易價格明顯低于600萬元的風險評估股或之前消費市場的商業價值，稅務機關無權進行適當變更。