申請人可以委托國家工商行政管理總局認可的具有商標代理資格的組織代理，也可以到國家商標局商標注冊大廳直接辦理。國家認可的商標代理組織共有近萬家，分布在全國各省、自治區、直轄市。
選擇哪種方式，申請人應當根據自己的具體情況決定。如果申請人熟悉商標法律法規及相關程序，經常居所或者營業場所的通郵狀況良好的，可以直接到商標局辦理；若不具備上述條件，最好還是委托商標代理組織代理。在中國沒有經常居所或者營業場所的外國人或者外國企業在中國申請轉讓注冊應當委托商標代理組織代為辦理。
商標局在對商標轉讓進行審查的過程中，往往要給申請人發出各種文件，如補正通知書、駁回通知書等。這些文件大多要求申請人對原申請內容做一定修改并回復。這些文件一般通過郵局郵寄，鑒于中國部分地區的郵遞通道不是很暢通，加之有些申請人地址發生變動，商標局發出的文件申請人收不到的現象屢有發生，所以，若是自己去辦理可能會影響商標轉讓流程。
商標代理組織中的商標代理人對商標法律法規比較熟悉，商標業務較為精通，能比較準確地理解委托人和商標局的意圖，協助當事人對商標局發出的要求修改的文件作出準確的修改，使轉讓注冊申請的審查得以順利進行。