1.法律依據不同
（1）軟件的著作權保護依據《著作權法》、《計算機軟件保護條例》；
（2）軟件的專利保護依據《專利法》，具體審查標準參見國家知識產權局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機程序的發明專利申請若干問題”。
2.申請方式不同
（1）軟件版權代碼寫完就自然受到保護，不需要經過審核，提交材料符合規范就可以獲得；
（2）軟件專利需要經過形式審查和實際審查，要滿足新穎性、創造性、實用性等諸多要求，才能夠受到保護。
3.簡易程度不同
（1）軟件著作權獲權簡單，維權簡單，保護力度弱，產生的效益通常是收取授權費用；
（2）軟件專利獲權困難，維權復雜，保護力度強，產生的效益不僅可以打擊競爭對手，還隱性地促進企業內技術的研發。