專利局在收到申請人提交的實質審查請求書以及已有技術參考資料、實質審查費之后即對該專利申請進行實質審查，通常要檢索與發明主題有關的現有技術并對下列問題進行審查：
1、申請專利的發明是否屬于專利法所稱的發明
2、申請專利的發明是否違反國家法律、社會道德、公共利益；
3、申請專利的發明是否屬于不授予專利權的領域；
4、申請專利的發明是否具備新穎性、創造性、實用性；
5、是否符合同樣的發明創造只能被授予一項專利的規定；
6、依照專利法第九條的規定，是否屬于最先申請人；
7、說明書是否清楚完整地敘述了發明內容，說明書的撰寫是否符合規定；
8、權利要求書是否以說明書為依據，寫明了要求保護的范圍以及權利要求書的寫法是否符合規定；
9、專利申請是否符合單一性的要求；
10、申請人對其申請文件的修改或者分案，是否明顯超出了原說明書和權利要求書記載的范圍；
經過實質審查，專利局認為不符合上述專利法規定的，即會以書面形式通知申請人，要求其在指定的期限內進行修改或陳述意見，申請人無正當理由期滿未答復的，其申請被視為撤回。申請人補正或陳述意見后，專利局仍然認為不符合上述規定的，就會予以駁回并通知申請人，申請人不服駁回的，可以向專利復審委員會請求復審。