公司注銷后，會牽涉到許多工商、稅務問題，如果沒有處理好，會有非常大的影響。
《稅務登記管理辦法》（國家稅務總局令第７號）規定：
納稅人發生解散、破產、撤銷以及其他情形，依法終止納稅義務的，應當在向工商行政管理機關或者其他機關辦理注銷登記前，持有關證件和資料向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記；
納稅人辦理注銷稅務登記前，應當向稅務機關提交相關證明文件和資料，結清應納稅款、多退（免）稅款、滯納金和罰款，繳銷發票、稅務登記證件和其他稅務證件，經稅務機關核準后，辦理注銷稅務登記手續。可見，注銷稅務登記的關鍵節點在于清稅、清票、清證。
一、印花稅
印花稅是對經濟上的活動和經濟交往中書立、具有法律效力憑證的行為所征收的一種稅。
1、印花稅的納稅范圍：包括在中國境內書立、事業單位、個體工商戶、軍事單位、社會團體、領受規定的經濟憑證的企業、行政單位、其他單位和其他個人
2、自從公司注冊成功開始，所有簽訂的重大合同都要審核印花稅；除此之外，還有營業賬簿、實收資本、購銷合同、資本公積的審核。所以，在公司注銷之前，一定要查漏補缺。
二、個人所得稅
根據國家的相關規定，除個人獨資企業、合伙企業外，個人投資者從其投資企業借款，在此納稅年末，借款用途跟企業經營無關，也沒有歸還的，視為公司對個人投資者的紅利分配，根據“利息、股息、紅利所得”項目征收個人所得稅。
三、流轉稅
企業注銷時會有一些存貨或資產，一般都會對資產進行處理后再注銷，如以資產抵債、抵付工資等，除因適用特殊稅務處理辦法無需進行清算的情形外，應按照公允價值確認相關資產的銷售收入或視同銷售收入，并繳納有關流轉稅。
對于存貨，《財政部、國家稅務局關于增值稅若干政策的通知》（財稅〔２００５〕第１６５號）第六條規定，一般納稅人注銷或被取消輔導期一般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。
四、營業稅
對于固定資產，如果是不動產，應繳納營業稅。其中，自建的不動產應以抵償債務的金額作為計稅依據，外購的不動產按《財政部、國家稅務總局關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅〔２００３〕０１６號）規定，應以抵償債務的金額扣除買價后的差額作為計稅依據。
五、企業所得稅
《財政部、國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔２００９〕６０號）規定，下列企業應進行所得稅清算處理：
（一）按《公司法》、《企業破產法》等規定需要進行清算的企業。
主要有：
１．企業解散。合資、合作、聯營企業在經營期滿后，不再繼續經營而解散；合作企業的一方或多方違反合同、章程而提前終止合作關系解散的。
２．企業破產。企業資不抵債，按《破產法》進行清算的。
３．其他原因清算。企業因自然災害、戰爭等不可抗力遭受損失，無法經營下去，應進行清算；企業因違法經營，造成環境污染或危害社會公眾利益，被停業、撤銷，應當進行清算的。
（二）企業重組中需要按清算處理的企業。
主要有：
１．企業由法人轉變為個人獨資企業、合伙企業等非法人組織；
２．企業將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區）；
３．不適用特殊性稅務處理的企業合并中，被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理；
４．不適用特殊性稅務處理的企業分立中，被分立企業不再續存時，被分立企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。