根據《財政部、國家稅務總局關于租入固定資產進項稅額抵扣等增值稅政策的通知》(財稅〔2017〕90號)和《交通運輸部、國家稅務總局關于收費公路通行費增值稅電子普通發票開具等有關事項的公告》(交通運輸部、國家稅務總局公告2017年第66號)規定，收費公路通行費抵扣及開票問題已于2018年1月1日正式施行新政策，對企業來說，抵扣進項稅額需注意哪些方面?
一、通行費發票與通行費增值稅電子普通發票
2018年企業可以通過ETC開具通行費增值稅電子普通發票作進項稅額抵扣，而高速公路通行費發票將不能作進項抵扣。那么以上兩種票據如何處理?
(一)通行費增值稅電子普通發票處理：2017年12月25日起，納稅人可以登錄發票服務平臺客戶登錄發票服務平臺網站等網絡平臺，進行車輛ETC卡綁定，2018年使用ETC卡或用戶卡交納的通行費，可以在該平臺上開具收費公路通行費增值稅電子普通發票，并可以按照收費公路通行費增值稅電子普通發票上注明的增值稅額抵扣進項稅額。
(二)通行費發票處理：通行費發票指納稅人車輛通過有關單位依法或依規設立的過路、過橋和過閘時索取的紙質票據。
1、2018年1月1日至6月30日，納稅人支付的高速公路通行費，如果暫時未能取得收費公路通行費增值稅電子普通發票，可憑取得的通行費發票(不含財政票據)注明的收費金額計算抵扣進項稅額。
2、2018年1月1日至12月31日，納稅人支付的一級、二級公路通行費，如果暫時未能取得收費公路通行費增值稅電子普通發票，可憑取得發票上注明的收費金額按照相應的公式計算抵扣進項稅額。
3、納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上注明的收費金額計算抵扣進項稅額。
二、充值發票與消費發票
在開具通行費增值稅電子普通發票時，充值發票和消費發票兩種形式有哪些區別，是否都可以抵扣?
根據交通運輸部、國家稅務總局2017年第66號公告第二條、第三條規定，充值發票指充值后實時開具，由ETC客戶服務機構全額開具的不征稅發票，稅率欄為“不征稅”，不能進行抵扣。
消費發票指充值后未索取充值發票，在實際發生通行費用后索取的發票。根據車輛實際通過收費公路性質屬性不同，分別開具可以抵扣的征稅發票和不能抵扣的不征稅發票。另外需要注意的是消費發票在充值后，索取由ETC客戶服務機構全額開具的不征稅發票后，實際發生通行費用時不再向其開具發票。
三、政府還貸性與經營性收費公路
如何區分還貸性收費公路與經營性收費公路?
還貸性公路指縣級以上地方人民政府交通主管部門利用貸款或者向企業、個人有償集資建設的公路;經營性公路指國內外經濟組織投資建設或者按照公路法的規定受讓政府還貸公路收費權的公路。根據交通運輸部、國家稅務總局2017年第66號公告第三條規定：
1.經營性公路：當車輛通過經營性收費公路后，索取的消費發票為征稅發票，是由收費公路經營管理單位開具的，票面左上角標識“通行費”字樣，且稅率欄顯示適用稅率或征收率，稅額欄顯示稅額的，屬于抵扣憑證范圍，可以按規定抵扣。
2.還貸性公路：當車輛通過政府還貸性收費公路后，索取的消費發票為不征稅發票，暫由ETC客戶服務機構開具的，票面左上角無“通行費”字樣，稅率欄為“不征稅”，不能抵扣。
四、不同道路類型的抵扣稅率
根據財稅〔2017〕90號文件第七條規定，不同道路類型的通行費發票抵扣稅率不同。支付的道路、橋、閘通行費，按照收費公路通行費增值稅電子普通發票上注明的增值稅抵扣進項稅額：
1.高速公路通行費可抵扣的進項稅額=高速公路通行費發票上注明的金額÷(1+3%)×3%
2.一級公路、二級公路以及橋、閘通行費可抵扣的進項稅額=一級公路、二級公路、橋、閘通行費發票上注明的金額÷(1+5%)×5%。
例：C運輸公司帶著一整車的貨物從R城出發送往P港，先后經過高速公路、跨海大橋和一級公路，其中高速公路費用300元，過橋費用20元，一級公路費用120元。從R城到P港取得的通行費增值稅電子普通發票可抵扣的進項稅額為多少?
高速公路通行費可抵扣的進項稅額：300÷(1+3%)×3%=8.74(元)
一級公路通行費可抵扣的進項稅額：120÷(1+5%)×5%=5.71(元)
過橋通行費可抵扣的進項稅額：20÷(1+5%)×5%=0.952(元)
可抵扣的進項稅額合計：8.74+5.71+0.952=15.402(元)