在金稅三期運行的大環境下，稅務局加強了對發票的核查力度，企業的發票風險也日益凸現，只有認識、識別了風險，才能有效規避風險。企業發票風險是企業在發票開具、發票取得過程中存在的風險，主要有以下幾點：
一、發票開具風險
1、《中華人民共和國發票管理辦法》規定：銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票；特殊情況下，由付款方向收款方開具發票。所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項，應當向收款方取得發票。取得發票時，不得要求變更品名和金額。開具發票應當按照規定的時限、順序、欄目，全部聯次一次性如實開具，并加蓋發票專用章。
2、任何單位和個人不得有下列虛開發票行為：為他人、為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；讓他人為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；介紹他人開具與實際經營業務情況不符的發票。
3、任何單位和個人應當按照發票管理規定使用發票，不得有下列行為：轉借、轉讓、介紹他人轉讓發票、發票監制章和發票防偽專用品；知道或者應當知道是私自印制、偽造、變造、非法取得或者廢止的發票而受讓、開具、存放、攜帶、郵寄、運輸；拆本使用發票；擴大發票使用范圍；以其他憑證代替發票使用。
4、屬于下列情形之一的，不得開具增值稅專用發票：
（1）向消費者個人銷售貨物或者應稅勞務（提供應稅服務）的；
（2）銷售貨物或者應稅勞務（提供應稅服務）適用免稅規定的；
（3）小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務的（小規模納稅人可向主管稅務機關申請代開增值稅專用發票）（注：營改增后，根據相關規定可自開增值稅專用發票的小規模納稅人除外）；
（4）商業企業一般納稅人零售的煙、酒、食品、服裝、鞋帽（不包括勞保專用部分）、化妝品等消費品不得開具專用發票。
二、發票取得風險
增值稅發票取得必須堅持“四流”統一，即：合同流、貨物流、發票流、資金流四流統一。否則可能會給公司增加不必要的麻煩和稅收負擔，甚至承擔行政、刑事責任。
進項稅抵扣構成要件：
（1）業務屬于可以抵扣增值稅進項稅的業務；
（2）取得的發票必須是合規的進項稅抵扣憑證；
（3）必須在法定期限內認證或勾選；
（4）在認證通過當月抵扣，或在勾選日所在申報期抵扣；
（5）必須取得增值稅專用發票，普通發票無效；
（6）增值稅專用發票必須通過稅局認證。
三、發票的認證、抵扣風險
1、取得專用發票后，未及時（360天內）到稅務局認證，或在增值稅發票選擇確認平臺勾選確認，使得進項稅額作廢。
2、增值稅一般納稅人取得開具的增值稅專用發票、應在開具之日起360日內到稅務機關辦理認證，或在增值稅發票選擇確認平臺勾選確認，并在規定時限內并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。未在規定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣，有特殊規定按規定處理。
四、發票傳遞環節風險
公司應制定增值稅發票管理辦法，其中應對增值稅發票傳遞做出相應規定。
增值稅傳遞環節的主要風險是：
1、丟失—傳遞過程中丟失；
2、壓票—超過認證期限未傳遞到位。