全面營改增，財稅2016年36號文附件1規定車輛停放服務、道路通行服務(包括過路費、過橋費、過閘費等)等按照不動產經營租賃服務繳納增值稅。而不動產經營租賃服務的適用稅率是11%，按照增值稅的特殊計稅方法，上一環節已經繳納的稅額可以在下一環節征稅時扣除，使各個環節形成環環相扣的完整鏈條。
所以，正常情況下，我們取得的過路費、過橋費、過閘費都應該按照11%來抵扣，而上游如果是免稅，比如是財政負擔的通行費，開的是財政票據，下游就不得抵扣。
但是同時財稅〔2016〕36號附件2有規定公路經營企業中的一般納稅人收取試點前開工的高速公路的車輛通行費，可以選擇適用簡易計稅方法，減按3%的征收率計算應納稅額。
財稅〔2016〕47號有規定，一般納稅人收取試點前開工的一級公路、二級公路、橋、閘通行費，可以選擇適用簡易計稅方法，按照5%的征收率計算繳納增值稅。
所以就有了后面的高速低率和低速高率抵扣的一個歸納。具體來講就是
「高速低率」高速公路通行費可抵扣進項稅額=高速公路通行費發票上注明的金額÷(1+3%)x3%
「低速高率」一級公路、二級公路、橋、閘通行費可抵扣進項稅額=一級公路、二級公路、橋、閘通行費發票上注明的金額÷(1+5%)x5%
至于為什么是計算抵扣，公式都是按照票面價格先換成不含稅價格再乘以抵扣率。這個很好理解，其實你注意觀察一下生活就明白了。
我們開車取得的過路過橋費用，你看看有沒有開增值稅專用發票的?現實中也沒辦法給你開增值稅專用發票來抵扣，這是和這種行業的特殊性密切相關的，
收費有其特殊性，金額小，開票速度要快，不可能讓排隊的車輛提供稅號等著開票，所以營改增后我們看到的發票還是通用機打發票或者通用定額發票。
預付充值
不管上述是人工收費取得、ETC通行后去銀行開具的還是預存費用取得的。它們有個共同特點就是都是從非增值稅發票管理新系統開具的。
至于計算出來如何填寫申報表?
國家稅務總局公告2016年第27號規定增值稅一般納稅人支付道路、橋、閘通行費，按照政策規定，以取得的通行費發票(不含財政票據)上注明的收費金額計算的可抵扣進項稅額，填入國家稅務總局公告2016年第13號附件1中《增值稅納稅申報表附列資料(二)》(本期進項稅額明細)第8欄“其他”
至此，道路通行抵扣憑證從2018年1月1日開始就分了兩種。應該說是一種業務，兩種不同的抵扣方式。
而按照交通運輸部、國家稅務總局公告2017年第66號規定增值稅一般納稅人申報抵扣的通行費電子發票進項稅額，在納稅申報時應當填寫在《增值稅納稅申報表附列資料(二)》(本期進項稅額明細)中“認證相符的增值稅專用發票”相關欄次中。
也就是和專票的填寫位置一樣，而且必須是勾選認證，勾選成功后按照統計表填寫申報表
按照現在的政策，納稅人支付的高速公路通行費暫未能取得收費公路通行費增值稅電子普通發票，可憑取得的通行費發票計算抵扣執行到2018年6月30日。
納稅人支付的一級、二級公路通行費，如暫未能取得收費公路通行費增值稅電子普通發票，可憑取得的通行費發票上注明的收費金額計算抵扣執行到2018年12月31日。
納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上注明的收費金額計算抵扣。