隨著越來越多的中小企業上市，新三板的交易也越來越出名。在交易過程中，無論是中小企業還是個人投資者都會涉及到稅收問題，根據整體的不同，稅收也會有所不同。
企業法人付款
中小企業個人所得稅
對于企業法人，新三板股份轉讓屬于廣義的個人財產轉讓，中小企業個人所得稅按25%的稅率繳納。
營業稅
中華民族現行法律法規明確規定，股票交易業務屬于
國際融資
產品轉讓，屬于營業稅
國際融資
銀行稅目，稅率為5%。
印花稅
轉讓方在新三板對公司股票進行買賣、繼承和贈與時，應根據交易時的具體交易金額，按1%的稅率計算繳納股票(公司股票)買賣印花稅。
一個投資者付款
個人所得稅
現階段，個人轉讓從香港證券交易所公開發行股票和消費市場轉讓獲得的香港證券交易所股份，實行個人所得稅免稅政策。
營業稅
現階段，個人經營外匯儲備、證券交易、非運費期權等國際金融產品的收入暫免
營業稅
。
印花稅
新三板交易中記載的股權轉讓文件，對公司股份的繼承和贈與，應當以記載時具體成交額的合理避稅方法為基礎，轉讓方支付1%。稅率是為出售股票(公司股票)而計算的
印花稅
。完全符合企業法人政策。
股息儲蓄
股息儲蓄是有區別的
個人所得稅
指南。股東在一個月內持股的，股息節余金額計入應納稅所得額；持股以合理避稅方式超過一個月至一年的，臨時減按50%計入應納稅所得額；持股超過一年的，暫減部分按25%計入應納稅所得額。這些收入應按20%的稅率征收
個人所得稅
。