建筑業作為國民經濟發展的主導產業，受到了營改增的極大考驗，投入扣除是個大問題。如何獲得盡可能多的投入抵扣，必然與中小建筑企業的稅率有關。
建筑業進項稅抵扣主要存在以下問題:
一是無法獲得可抵扣增值稅發票。一般來說，建設項目財務避稅成本比較長，產能大，在項目區比較常見，建材品種非常豐富。而且很多建材都是石頭做的，有些項目往往在區域內有壟斷管理。這些供應商很多都是以零敲碎打的方式謀生納稅，甚至不能發行有權利的債券。同時，在工程項目中，施工單位向中小型施工企業提供材料和動力系統，以抵消工程款，而采購的原始發票屬于施工單位。因此，中小建筑企業很難獲得有效的可抵扣增值稅發票；
二是投入扣除嚴重不足。比如產品鋼筋混凝土可以按簡單必要繳納，3%的抵扣率嚴重不足，進口和銷售稅差別很大；
第三，專用發票抵扣不是第一次了?！对鲋刀惙ā访鞔_規定，以票證形式抵扣的增值稅進項稅額抵扣期限最長不得超過180天。在建筑行業，由于建設項目單位施工和材料供應商相互拖欠的問題，無法掌握貸款的結算期限，難以第一時間取得抵扣增值稅專用發票；
第四，命名不完全一致，不能扣分。比如建筑業長期存在國家管理，很多建筑業務由中小建筑企業的子公司承擔或實施，電子設備和材料由子公司單獨采購，中小企業取得的增值稅專用發票與事業單位的命名不完全一致，導致建筑業子公司取得的專用發票無法抵扣；
第五，人工成本，
投資
由此產生的貸款等。不能從進項稅中扣除。在建設項目財務避稅項目的生產成本構成中，人工成本占整個項目生產成本的20%-30%，而建筑業的資金和手續費是用資本出資的
投資
發生的貸款、投資咨詢費、利息、咨詢費等費用不能抵扣。這些都會對中小企業的稅率產生負面影響。
鑒于上述情況，中小企業必須建立
增值稅
取得和抵扣專用發票的價值，盡可能有權在第一時間有效取得和抵扣投入，提高抵扣率。要加強上游管控，從物資采購項目入手，盡量選擇一定的信譽，盡可能提供
增值稅
專用發票，信譽好的供應商。對于甲方提供的材料，擬由乙方、總包單位和供應商三方簽訂協議，由供應商向總包方提供可抵扣進項稅發票，總包方向乙方開具一定金額的發票作為工程款支付的一部分，從而大幅提高中小企業財務避稅的稅率。