考慮到小規模納稅人經營規模小，會計核算不完善，按增值稅稅率計算稅款和進項稅額采用增值稅專用抵扣很困難，采用了按銷售額和稅率計算應納稅額的方法。自2014年7月1日以來，小規模納稅人的增值稅稅率已調整至3%.
小規模納稅人(除其他外)出售其使用過的固定資產，減按2%的稅率征收增值稅。只能開具普通發票，稅務機關不得代稅務機關開具增值稅專用發票。
小規模納稅人主要有三種征收方式：查賬征收、查定征收和定期定額征收。
查賬征收：稅務機關按照納稅人提供的會計科目表中反映的經營情況，按照適用的稅率計算納稅方式。本辦法適用于財務會計制度健全，能夠認真履行納稅義務的納稅人。
查定征收：稅務機關根據納稅人的職工、生產設備、原材料的使用情況等因素，確定核定的應稅產品的產量和銷售情況，并根據職工、生產設備、原材料等因素征稅。這種方法一般適用于賬簿不健全，但能夠控制原材料或購銷貨物的納稅人。
定期定額征收：稅務機關通過典型調查，通過賬戶確定營業額和收入金額，并征收稅款。這種方法一般適用于沒有完整評估依據的小規模納稅人。
從總體上看，小規模納稅人減稅和免稅會計分錄一般是按照增值稅的正常計算來計算的。如果本季度小規模納稅人的月銷售額不超過30，000或不超過90，000，他們可以申請免征增值稅，當然，附加稅也不可以征收。